Rhinoでモデリング、V-Ray for Rhino でレンダリング - Ing. Luca Borro |
タンパク質間相互作用(PPI)は多くの生物学的プロセスで重要な役割を果たす、創薬キャンペーンの興味深いターゲットです。さらに実験的手法やコンピューテーション技術の進歩でデータへアクセスがしやすくなり、タンパク質間相互作用(PPI)解析の必要性は高まっています。このため生体分子の相互作用を描写し、解析するビジュアライゼーションツールは不可欠な手段です。
"外観を作成する最初のステップは、カプシドの直径やスパイクタンパク質の長さといった構成の理想的なサイズを特定することでした。SARS-CoV(Neuman et al., 2006)のクライオEM構造では、スパイクタンパク質を除くウイルス粒子の直径は82~94nm(ナノメートル)です。この根拠に基づき、私達は 3D CADソフトのRhinoceros(McNeel)を使って直径88nmの球状のウイルス粒子をモデリングしました。スパイクタンパク質の長さは同じ論文で報告された電子顕微鏡画像で計測され、カプシドの88nmに基づいて正確にサイズ変更した結果、約12.40nmと確定されました。画像のスケーリングは全次元関数のScaleを使ったRhinocerosソフトウェア(Rhino 7)で行いました。"